Obwohl Goerdeler 1933 nicht parteiisch war, konnte er zunächst als Oberbürgermeister im Amt bleiben, auch wenn er dem NS-Regime von Anfang an sehr skeptisch gegenüberstand. Als sein nationalsozialistischer Stellvertreter das Mendelssohn-Denkmal während seiner Abwesenheit – entgegen ausdrücklicher Anweisung – entfernen ließ, trat Goerdeler im Dezember 1936 demonstrativ von seiner Position zurück. Von 1937 bis 1939 reiste Goerdeler häufig ins Ausland, um Informationen über die Situation in Deutschland zu erhalten, um auf die Verlust der Rechtsstaatlichkeit und Verfolgung von Juden und Warnung vor Hitlers kriegerischen Absichten. Während des Krieges wurde Goerdeler einer der führenden Männer im deutschen Widerstand. Carl Friedrich Goerdeler wurde am 2. Februar 1945 hingerichtet.
